七月，陈冲率司隶及凉州各部返回长安。
再一次回到干爽的关中大地，眼前的一切都令陈冲感到熟悉：沿路青雀的啼叫，阡陌间农人成堆的粟米，道畔不时露出几朵的黄白菊花，还有悠悠不绝的渭水流淌声，让他感觉自己只不过是携众刚刚离开，毕竟上次大军离开关中的时候，沿路也是这样的风景。但陈冲并不感到惬意，他也知道，这不过是人世的表面。生活往往就是用数年的波澜不惊来让人松懈，然后在一个瞬间给人予毁灭，这是过去的岁月给他的教训。
回到长安后，陈冲没有立刻解散诸军，而是大作人事调整。在火石埠一战后，他对编制打乱后险些为东军覆灭的场景心有余悸，时常为之深夜惊醒。虽然事后大家议论说，这是军中军纪不严，求胜过切的缘故，只要日后多强调军纪，便可以避免。但陈冲以为，战场形势千变万化，总有些出人预料的情况，一味强调军纪也并非万能，还是应当从军制上做更多的考量。
在雒阳之时，他心中便已有了大体的想法。自炎兴元年以来，两府诸军虽越建越多，但人事上却逐渐散乱。各校尉将军虽隶属两府，但相互之间并不协调，所辖也不熟稔，如无主帅参与指挥，亲自调动，往往在战场上各自为战，胜便穷追，败则独退。在少量精兵时这些问题还不算明显，但一旦参与十万人以上的大会战，这种问题便难以忽视了，更别说编制被打乱的情形。
故而陈冲总结，应当在诸郡、镇、关军之上，再设新职，以便统筹全局。与刘备荀攸几人议论后，他们大多同意陈冲的观点，只是此举牵扯到数十万将士，不可骤然改成，所以他们提议，还是由司隶府在关中先行尝试，等初见成效后，再推广全国。
于是陈冲改司州诸军为中军，并将原为宫廷禁军的北军并入其中。重设朝中废弃已久的卫将军一职，由关羽任职，以此为中军之首。
在卫将军之下，陈冲设军师两人，负责辅佐主帅，谋划军事，由钟繇、皇甫坚寿任职；督军一人，负责维持军纪，赏罚士卒，由董越任职；护军一人，负责守卫中军、传令通讯，由徐晃任职；领军一人，负责讲兵习武、征辟良才，由赵云任职；典军一人，负责典清财赀、辑录人事，由虞翻任职；参军一人，负责审核校对、查漏补缺，由刘琦任职。
各郡兵也不再以郡为别，由此被整编为中垒、屯骑、虎贲、骁勇、步兵、射声、轻车、金关八师，分别由胡轸、朱皓、张绣、射援、羊衜、裴潜、杨秋、马岱、王盖率领，各下辖五千人。
在整军之余，陈冲还借此时机，重新厘定军中将士的军功爵位。
二十级军功爵本属秦制，是商鞅为推崇国家耕战而建立的军国制度，秦国不仅因此练成一支纵横六国的强军，也发掘了诸如白起王翦这般的不世名将，这才得以统一华夏。到高祖建国时，依旧沿用此制，以为国本。高祖曾于白马之盟时明言：“非军功者不封侯”，便是此意，由此也方有大汉百年之兴。只是发展到今日，八级民爵沦为虚衔，十五级以下爵位泛滥，基本失去了原有效用，唯有关内侯与列侯两级尚还实用。
然而爵位与服役、授田等诸项制度相关，事及全民，如今若想完全恢复，全不可能。陈冲便退而求其次，只想在军中重新厘定军爵，使俸禄决于爵位而非职位。陈冲心想，一旦再出现编制打乱的场景，即使来源杂芜，军职互不统属，士卒们只需根据军爵明辨地位，也能临时组织新军来执行军令，这便是最大的好处了。
整军自七月开始，一直持续到九月下旬，总算才勉强结束。而后关羽自河东前来就职，领着中军八师到上林苑周遭射猎集训。如此一来，当地的百姓又称呼中军为上林军。
转眼到了深秋时节，马上就是霜降了。气温最近也凉得很快，有些人只是添衣慢了些，便染上了风寒。有人说起张仲景以饺子治伤寒的故事，于是关中家家户户都煮起了饺子，街巷之间一时面香四溢，令路人极为陶醉。
这一日，陈冲在小宅中稍歇。此时正是午后，太阳微微西移，但阳光还是极为和煦，故而陈冲把竹榻搬到后堂无风的水井边，一丛粉色的寒菊旁，然后躺在上面，在眼上遮了块黑布小憩。年纪大了后，他的精力也大不如前，故而晌午时总要歇息两刻。
但正当他将睡未睡，意识模糊的时候，前院突然传来数人的脚步声，而后停住了，少顷，董白微微摇醒他，轻声唤道：“庭坚，庭坚。”
陈冲勉强睁开眼，见董白对他笑了笑，听她说道：“长文来了，说有急事找你。”
陈群所来不是为了他事，而是因为一份表文。等陈群将表文原本交到陈冲手中，陈冲瞥了一眼开头，发现龙飞凤舞的“臣衡上奏”四字，顿时哭笑不得，他不由无奈地想道：“该来的总还是会来啊！”
写这封表文的不是他人，正是尚书郎平原祢衡。文章的内容也非常简单，就是弹劾司隶校尉兼尚书令陈冲，与大将军兼并州牧刘备。表中直言他们近几年来对内把持朝政，专权独断，逼陷良才，自成一党，对外又损兵折将，徒劳无功，大损国威。
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